O Museu do Ceará possui um acervo bastante variado, resultado de compras e, sobretudo, de doações de particulares e instituições públicas. Entre moedas e medalhas, há quadros, móveis, peças arqueológicas, artefatos indígenas, bandeiras e armas. Há também peças de “arte popular” e uma coleção de cordéis publicados entre 1940 e 2000 (950 exemplares). Alguns objetos se referem aos chamados “fatos históricos”, como a escravidão, o movimento abolicionista e movimentos literários, como a famosa “Padaria Espiritual”, que entrou para a História da Literatura Brasileira com especial destaque. Trata-se de um acervo com mais de sete mil peças, que atualmente é trabalhado como veículo de reflexão sobre a Historia local integrada à História do Ceará, em seus aspectos culturais, econômicos e sociais. Muitas peças estão em exposição, organizadas em salas temáticas.

Além de concentrar um dos maiores e mais importantes acervos do Estado, o Museu do Ceará promove cursos, oficinas, palestras e publicações na área de museologia e História, visitas orientadas e capacitação para professores, destacando-se como um núcleo de ações educativas em parceria com a Universidade Federal do Ceará. Sua política cultural está consoante com os princípios da pedagogia de Paulo Freire. Tal projeto de atuação procura atender ao público diversificado que vai ao Museu: pesquisadores, estudantes da educação básica e superior, visitantes de Fortaleza e turistas do Ceará, do Brasil e de outros países.